En 2006 entra en vigor la nueva Ley de Fundaciones de Interés Gallego, desarrollada por varios decretos en 2009, y obliga a una nueva redacción de las Constituciones aprobadas por el Cabildo en 2010. Las modificaciones son principalmente en la nomenclatura, ya que las Constituciones aprobadas en 1984 siguen vigentes, y, aún así, se procuran mantener las denominaciones en la medida de lo posible. Así al Presidente de la Fundación se le sigue denominando Hermano Mayor y al Órgano de Gobierno, Cabildo de Gobierno.
Este es el momento en que la institución pasa a denominarse Fundación Santo Hospital de Caridad y es considerada como Fundación de Interés Gallego.
La crisis sufrida por la institución derivada de la incidencia de la pandemia de COVID-19, que la llevo a una difícil situación financiera, agravada por la falta de apoyo por la parte de las administraciones publicas, obligaron a la venta de la actividad sanitaria al grupo Ribera Salud, al que también se le arrendo el hospital Juan Cardona, que sigue siendo propiedad de la Fundación, reservándose esta diversas zonas del complejo hospitalario para proseguir con su actividad social (Alberque, Capilla del Espiritu Santo, Clausura de las Religiosas, Tanatorio, Archivo Histórico y Oficinas).
Por esta causa se modificaron de nuevo los estatutos, en los que se suprime la gestión del hospital y se incluye:
- Mantenimiento de un museo en el que se custodien y expongan a la ciudadanía las obras de arte que posee.
- Constitución y dotación de becas de estudio para personas sin recursos.
- Celebración de seminarios relacionados con las actividades de este carácter.
- El 13 de abril de 2022 fue solicitada, ante la Consejería de Política Social de la Junta de Galicia, la inscripción de la modificación propuesta, siendo esta aprobada el 16 de septiembre de 2022.
